رئیسی به دلیل نقض حقوق بشر از جمله نقش او در کشتارهای دهه 60 شمسی از طریق عضویتش در «کمیته مرگ» و همچنین سرکوب اعتراضات در سال‌های 1388 و 1398 در لیست تحریم‌های بین‌المللی قرار دارد.
در پی اعلام ستاد انتخابات ایران مبنی بر انتخاب ابراهیم رئیسی به عنوان پیروز سیزدهمین دوره ریاست جمهوری، سازمان عفو بین الملل عدم وجود پیگرد قانونی علیه وی را «نمودی فجیع از قصور جامعه بین‌المللی در رسیدگی به بحران مصونیت ساختاری در ایران» دانست.
این سازمان می‌گوید که در گزارش مفصلی مورخ آذر 1397، که جنایات علیه بشریت سابق و ادامه‌دار مرتبط با کشتار زندانیان در تابستان 67 را مستند کرده است، از ابراهیم رئیسی به عنوان یکی از اعضای «هیئت مرگ» تهران نام برده است که چندین هزار مخالف و دگراندیش سیاسی را در زندان‌های اوین و گوهردشت تحت ناپدیدسازی قهری قرار داده و به طور فراقضایی اعدام کرد.
مطابق این گزارش، اجساد قربانیان عمدتا به طور مخفیانه در گورهای جمعی بی‌نام و نشان دفن شدند. در نتیجه، سازمان عفو بین‌الملل اعلام کرده است که ابراهیم رئیسی می‌بایست در خصوص جنایات علیه بشریت، شامل قتل، ناپدیدسازی قهری و شکنجه در ابعاد گسترده و سازمان‌یافته، تحت تحقیقات کیفری منطبق با موازین و قوانین بین‌المللی قرار بگیرد، از جمله توسط کشورهایی که اصل صلاحیت قضایی جهانی را اعمال می‌کنند.
عفو بین الملل همچنین گفته که «ابراهیم رئیسی در دوران تصدی بر منصب ریاست قوه قضائیه از اسفند 1397، به عنوان مقام مافوق، ناظر بر دستگیری بی‌ضابطه هزاران تن از معترضان مسالمت‌جو، دگراندیشان و مخالفان، مدافعان حقوق بشر و اقلیت‌های مذهبی و اتنیکی تحت ستم بوده است.»
این بیانیه افزود: «قوه قضائیه تحت ریاست او، همچنین مصونیت مطلق به مسئولان دولتی و نیروهای امنیتی اعطا کرده است که مسئول کشتار صدها مرد، زن و کودک طی اعتراضات سراسری آبان 98 و نیز دستگیری گسترده هزاران معترض و ارتکاب ناپدیدسازی قهری، شکنجه یا سایر رفتار‌های بی‌رحمانه، غیرانسانی و ترذیلی علیه صدها تن از آن‌ها بوده‌اند.»
عفو بین الملل می‌گوید که «بر اساس موازین و قوانین بین‌المللی حقوق بشر، از جمله مجموعه اصول تجدیدنظر شده سازمان ملل برای حفاظت و ارتقای حقوق بشر از طریق مبارزه با مصونیت، مقامات دولتی که شخصا مسئول موارد نقض فاحش حقوق بشری بوده‌اند، به‌ویژه آن دسته از آنان که در بخش‌های قضایی، اطلاعاتی و امنیتی نقش داشته‌اند، دیگر نباید در نهادهای دولتی مشغول به کار شوند.»
این سازمان در ادامه تاکید کرده که «آن افرادی که بر اساس شواهد و مدارک در ارتکاب جرائم بین‌المللی دست داشته‌اند، باید تحت تحقیقات کیفری قرار گیرند و در صورت وجود اسناد معتبر کافی، محاکمه شده و طی دوران دادرسی از مناصب‌شان تعلیق گردند.»
عفو بین الملل با اشاره به «بحران مصونیت ساختاری حاکم بر ایران»، از کشورهای عضو شورای حقوق بشر سازمان ملل خواسته تا «اقدامات مشخصی را برای برخورد با بحران مصونیت ساختاری در زمینه جدی‌ترین جرایم بین‌المللی» اتخاذ کنند.
طبق بیانیه این اقدامات از جمله شامل تأسیس یک مکانیسم بی‌طرف و مستقل می‌شود تا شواهد و اسناد مرتبط با جدی‌ترین جرایم بین‌المللی ارتکاب یافته در ایران را به نحوی که در دادرسی‌های کیفری قابل استناد باشد، گرد‌آوری، نگهداری، تحلیل و تقویت نماید و بدین ترتیب زمینه دادرسی‌های کیفری مستقل و عادلانه را در آینده فراهم سازد.
اصل بیانیه به زبان انگلیسی
Iran: Ebrahim Raisi must be investigated for crimes against humanity | Amnesty International UK